本联合工程实验室以河北工业大学为依托单位，以独立管理的方式运行。机构设置包括决策组织机构，技术咨询机构和执行机构。
1、决策组织机构及职责
联合工程实验室的决策组织机构是实验室管理委员会，由河北工业大学的领导、学科带头人、共建单位领导及其技术负责人组成，实验室管理委员会设立主任和常务副主任，由河北工业大学委派。根据需要设立副主任，副主任的产生和职责由管理委员会会议决定。
决策组织机构的主要职责：
1) 制定或修订实验室章程，批准成员单位的加入或退出；
2) 批准实验室的发展规划、年度计划和各项规章制度；
3) 批准实验室的年度财务预决算；
4) 审批实验室的机构设置、人事事项；
5) 决策需由管理委员会决定的其他重大事项。
管理委员会人数为6人，委员会成员每届任期为四年，任期届满，可以连任，本联合实验室管理委员会人员列表如表4-1所示。
管理委员会主任行使下列职权：召集、主持管委会会议，检查管委会决议实施情况；行使法定代表人的权利，因特殊情况下不能履行职务时，指定某个委员代为履行；在发生不可抗力的事件时，可行使特殊决裁权，但必须符合平台利益，事后向管理委员会报告。 

2技术指导和政策咨询机构及职责
联合工程实验室技术指导委员会是对技术进行指导和政策咨询的机构。技术指导委员会由知名大学和企业的化工过程技术专家、政府部门或机构等委派的代表和特邀的行业组织、社会团体代表等组成，成员每届任期四年，期满后可适当更换部分成员。技术指导机构的主要职责是：

1）对联合工程实验室的工作计划、研发项目方案的确定提出咨询意见；
2）对研发项目的管理、研发经费的使用、研发人员的配备等提出咨询意见；
3）受委托对研发项目实施监督、评估，提出咨询意见。
4）宏观指导联合工程实验室的发展和技术研发活动；组织协调相关资源支持联合工程实验室的工作。协助解决影响制约联合工程实验室发展的有关问题。
3执行机构及职责
具体专业实验室和日常办公服务部门是联合工程实验室常设执行机构，负责执行管理委员会决定和开展日常工作。
执行机构职责是：
1）落实执行管理委员会决定的各项工作；
2）负责组织编制联合工程实验室的各项规章制度，监督规章制度的执行；
3）负责组织编制定联合工程实验室发展规划、年度计划、年度预决算等；
4）负责研发项目组织、实施和管理等工作；
5）协调本单位的技术资源，为本行业相关单位的生产、研发等工作提供支持和服务。
联合工程实验室设实验室主任1名，负责联合工程实验室的全面工作；设常务副主任1名，负责联合工程实验室的日常管理工作。另外，根据需要设立副主任若干，副主任职责是协助主任工作或负责专门工作，副主任产生由管理委员会会议决定。
联合工程实验室设立办公室，负责管理相关业务的联系和接洽，协调与安排、督促检查研科工作各实验室的科研任务，开展社会服务工作。
联合工程实验室将根据技术工作需要，设立四个技术方向和一个工程试验基地，责任是从事专门的工程技术工作。节能热耦合塔设备集成技术实验室负责热耦合塔新技术开发；高效催化剂与反应精馏集成技术实验室负责高效反应精馏过程与设备研究开发；化工过程集成与能量优化技术实验室负责化工过程集成及综合优化技术开发；生物质及海水资源综合利用技术实验室负责生物质资源与海水资源开发与工艺技术研究；化工过程集成高效节能与资源利用工程试验基地负责过程集成与资源利用技术成果工业化试验研究。